В кишечнике человека обнаружено почти 2000 неизвестных бактерий
Исследователи из Европейского института биоинформатики EMBL и Института Wellcome Sanger выявили почти 2000 видов бактерий, живущих в кишечнике человека. Эти виды еще предстоит культивировать в лаборатории. Команда использовала ряд вычислительных методов для анализа образцов от людей во всем мире.
Результаты, опубликованные в журнале Nature , показывают, что, хотя исследователи, возможно, приближаются к созданию полного списка микробов, распространенных в микробиомах жителей Северной Америки и Европы, существует значительный недостаток данных из других регионов мира.
Кишечник человека является домом для многих видов микробов, которые в совокупности называют кишечной микробиотой . Несмотря на обширные исследования в этой области, исследователи все еще работают над выявлением отдельных видов микроорганизмов, которые живут в кишечнике, и пониманием того, какую роль они играют в здоровье человека.
«Реконструкция» бактерий
Есть много причин, по которым некоторые виды микробов среди кишечной микробиоты так долго оставались неизвестными, например, низкая численность или неспособность выжить вне ее. Используя вычислительные методы , исследователи смогли реконструировать геномы этих бактерий.
«Вычислительные методы позволяют нам понять бактерии, которые мы еще не можем культивировать в лаборатории. Использование метагеномики для реконструкции бактериальных геномов похоже на воссоздание сотен головоломок после смешивания всех частей вместе, не зная, как должно выглядеть окончательное изображение, и после полного удаления нескольких частей из микса, чтобы сделать его немного сложнее », — говорит Роб Финн, руководитель группы в EMBL-EBI. «Исследователи сейчас находятся на стадии, когда они могут использовать целый ряд вычислительных инструментов, чтобы дополнять и иногда направлять лабораторные работы, чтобы раскрыть новое понимание человеческого кишечника».
Географическое разнообразие
Исследование выявило различия в составе кишечных бактерий между людьми во всем мире и то, насколько важно, чтобы исследуемые образцы отражали это разнообразие.
«Мы наблюдаем появление множества одинаковых видов бактерий в данных европейских и североамериканских популяций», — говорит Финн. «Тем не менее, несколько южноамериканских и африканских наборов данных, к которым у нас был доступ для этого исследования, выявили значительное разнообразие, отсутствующее в бывших популяциях. Это говорит о том, что сбор данных по недопредставленным группам населения крайне важен, если мы хотим получить действительно полную картину состава человеческая кишка «.
План кишечника человека
«Вычислительные методы позволяют нам получить представление о многих видах бактерий, которые живут в кишечнике человека, как они развивались и какую роль они могут играть в своем микробном сообществе», — говорит Александр Алмейда, научный сотрудник EMBL-EBI и Wellcome Sanger Institute. «В этом исследовании мы использовали наиболее полные общедоступные базы данных по желудочно-кишечным бактериям для выявления видов бактерий , которых раньше не было. Методы анализа, которые мы использовали, являются высоко воспроизводимыми и могут быть применены к более крупным и разнообразным наборам данных в будущем, что позволит открытие «.
«Подобные исследования помогают нам создать так называемый план кишечника человека , который в будущем мог бы помочь нам лучше понять здоровье и болезни человека и даже направлять диагностику и лечение желудочно-кишечных заболеваний», — заключает Тревор Лоули, руководитель группы в институте Wellcome Sanger.
